Tuy nhiên, một số mầm bệnh như: Tristerza, Greening, Virus và tương tự như  Virut có thể lây lan qua mắt ghép hoặc cành chiết, trong đó nghiêm trọng nhất là bệnh vàng lá greening, là bệnh mang tính hủy diệt vì không có tổ hợp gốc ghép - mắt ghép nào kháng được. Bệnh vàng lá greening đã lan tràn hơn 50 nước trên thê giới.

Vì vậy, biện pháp sản xuất cây có múi sạch bệnh bằng công nghệ vi ghép và indexing bệnh là chiến lược lâu dài để giải quyết bệnh lây nhiểm trên bưởi nói riêng và cây có múi nói chung. Do đó, nên trồng cây bưởi sạch bệnh được sản xuất ở những địa chỉ đáng tin, có uy tín như: Viện, Trường, Trung tâm. . .

1. Nhân giống bằng hạt

Đây là cách nhân giống được bắt đầu khi loài người biết trồng cây ăn quả. Đây là quá trình tạo cây con từ hạt, hạt được hình thành do sự thụ tinh của tế bào hạt phấn và tế bào noãn, cây mới mọc mang đặc tính của cả bố và mẹ hoặc nghiêng hẳn về bố hoặc mẹ. Cách nhân giống này áp dụng chủ yếu để lấy cây con làm gốc ghép. Rất ít vùng dùng cây con làm giống vì phải 8 – 10 năm mới có thể cho quả được.

Các yêu cầu khi chọn hạt làm gốc ghép để nhân giống:

          Chọn những hạt mẩy không sâu bệnh từ quả tốt để làm giống.

          Chọn cây thích hợp với điều kiện tự nhiên của địa phương có năng suất cao, phẩm chất tốt.

          Chọn cây là những cây ổn định về mặt sinh trưởng, có từ 6 – 7 năm tuổi trở lên.

          Chọn cây sinh trưởng khỏe, có bộ rễ phát triển mạnh, cành phân tán cân đối, lá tươi tốt, không sâu bệnh.

2. Nhân giống bằng cách chiết cành

Cây có múi nói chung đều dễ nhân giống bằng phương pháp chiết nhánh bó bầu. Nguyên liệu nhân giống là cành đã có búp sinh trưởng, chỉ cần bóc một khoảnh vỏ bó đất, khi cành ra rễ mới cắt khỏi cây mẹ. Ưu điểm của phương pháp là vì chưa cắt khỏi cây mẹ nên cành được nuôi một phần bằng nhựa cây mẹ nên cành dễ sống hơn.

Cách thực hiện gồm các bước chủ yếu sau đây:

- Chọn cành dài khoảng 15 – 30 cm, cũng có thể làm vào mùa hè lúc đó vỏ cây còn cứng. Sau đó, cắt lột bỏ lớp một lớp vỏ và cạo bỏ lớp vỏ cứng bên ngoài một cách nhẹ nhàng, có thể bổ sung indolebutyric acid lên bề mặt lát cắt (là một loại hormon tạo rễ).

- Bó chổ cắt bằng rêu ẩm

- Dùng bọc và dây buột chặt lại

3. Nhân giống bằng cách giâm cành

Phương pháp này dựa trên khả năng hình thành rễ phụ (rễ bất định) của các đoạn cành đã cắt rời khỏi thân mẹ (hoặc các đoạn rễ). Ngày nay, phương pháp này được ứng dụng rộng rãi nhằm nhân giống các cây công nghiệp, cây lâm nghiệp. Ở nước ta, việc nhân giống chanh bằng phương pháp giâm cành rất phổ biến nhằm tạo cây lùn, nhanh thu hoạch quả và chu trình kinh doanh khai thác ngắn nhưng hiệu quả cao.

Nhà giâm cành nói chung phải thoáng mát, kín gió, trao đổi không khí tốt. Cành để thực hiện nhân giống là những cành bánh tẻ, phần lớn là những cành ra trong năm, có khi ra cùng trong vụ xuân hoặc hè. Nguyên tắc chung là chọn những cành lưng chừng tán, ngoài bìa tán và những cành ở cấp cành cao (những cành không mang hoa, quả và những cành ổn định sinh trưởng chưa lâu).

Cắt cành giống vào thời gian không có nắng trong ngày: sáng sớm hay chiều tối vì cành lá sẽ mất nước đột ngột, tỉ lệ ra rễ kém.

Cành cắt xong cần được phun nước cho ướt lá rồi dựng đứng vào trong xô hoặc thùng có chứa nước sạch, đậy lại bằng vải màu tối đã thấm ướt.

Cành sau đó được xử lý lại, đối với cành dễ ra rễ có thể cắm thẳng vào nền giâm, hoặc xử lý hóa chất ra rễ ở nồng độ thấp (NAA, IAA hay IBA).

Phải thường xuyên duy trì độ ẩm từ lúc cắm cành cho đến lúc ra rễ.

Nhiệt độ thích hợp cho quá trình tạo rễ ở cây ăn quả là 21 – 26oC.

Khi rễ của cành giâm mọc đủ dài, hơi chuyển từ màu trắng sang màu vàng và dẻo thì phải ra ngôi kịp thời trong vườn ươm hay túi polymer.

4. Nhân giống bằng cách ghép

Ghép là phương pháp đem cành hay mầm nhánh của cây mẹ có nhiều ưu điểm như phẩm chất tốt, năng suất cao… gắn sang gốc một loại cây khác để tạo thành một thể mới thống nhất.

Ưu điểm: Cây sau khi ghép giữ được đặc tính của cây mẹ, mau cho trái, tuổi thọ cao. Nhân được nhiều cây giống. Cây có bộ rễ ăn sâu, chống được gió bão va chạm tốt hơn so với giâm cành, chiết cành.Sử dụng được các đặc tính tốt của cây mẹ làm gốc ghép như chịu hạn, chịu úng, chịu lạnh. Cây cao có thể làm thấp xuống nhờ ghép. Áp dụng được với những cây không hạt. Phục tráng cho những cây già, quý hiếm. Thay đổi được tính trạng đực khi ghép cây cái lên cây đực.

Nhược điểm:­Kỹ thuật ghép tiến hành phức tạp hơn giâm cành, chiết cành.­   Cần phải có kiến thức nhất định về cây tiến hành ghép.­ Cần phải nghiên cứu khi ghép khác họ khác loài. Có khoảng 30 loại bệnh lây lan qua đường ghép do mycoplasma, virus, viroid, vi khuẩn.

5. Nhân giống bằng phương pháp nuôi cấy mô

Trong trường hợp cây ăn quả lâu năm, kỹ thuật ghép đang chiếm vị trí hàng đầu trong nhân giống vì kết hợp được khả năng chống chịu của gốc hoang dã với mắt ghép có ưu điểm năng suất và phẩm chất tốt. Tuy nhiên trong lúc ghép theo kỹ thuật truyền thống, do thời gian trồng gốc ghép kéo dài và kích thước mắt ghép khá lớn nên bệnh virus có thể truyền lây.

Để khắc phục nhược điểm trên, kỹ thuật ghép đỉnh sinh trưởng gọi tắt là vi ghép được thử nghiệm và mang lại kết quả tốt. Về nguyên tắc, vi ghép là nuôi cấy đỉnh sinh trưởng nhưng qua dinh dưỡng của gốc ghép. Đỉnh sinh trưởng làm mắt ghép có kích thước từ 0,2 – 0,5 mm, được tách từ búp non đang sinh trưởng mạnh của cây mẹ trưởng thành, gốc ghép là cây mới nảy mầm từ hạt của giống hoang dại, toàn bộ cây ghép được nuôi dưỡng trong điều kiện ống nghiệm vô trùng. Những cây ghép thu được bằng phương pháp này hoàn toàn sạch bệnh và mang đặc điểm di truyền của cây mẹ cho mắt ghép.